128만 3천632㎡에 달하는 자연휴양림은 2011년 4월 콘도형인 산림문화휴양관(4인실, 10인실), 2013년 7월 석모도 수목원, 2015년 7월 통나무집 형태인 숲속의 집(6인실, 8인실, 18인실, 22인실) 개장 등 단계별로 조성됐다. 숙박 시설이 소나무, 참나무, 소사나무 등 50여 종에 달하는 울창한 나무 무리 속에 파묻혀 있어 몸과 마음의 안정을 취하기에 좋다. 방 안에도 숲의 기운이 그대로 전해지고, 하룻밤 사이에 일상생활의 찌든 때들이 말끔히 씻겨 나가는 것을 느낄 수 있다.

부대시설로는 100명을 수용할 수 있는 회의실이 세미나나 워크숍 장소로 안성맞춤이다. 야외 족구장도 갖추고 있다.

자연휴양림에는 크게 3개의 산책로가 있다. 1코스는 산림문화휴양관에서 산책로, 숲속의 집을 거쳐 석모도 수목원으로 이어지는 1.5㎞로 30분이면 소화할 수 있는 구간이다. 2코스는 산림문화휴양관에서 임도, 숲속의 집을 거쳐 석모도 수목원에 도착하는 2.5㎞로 50분이 걸린다. 3코스는 산림문화휴양관에서 상봉산을 거쳐 석모도 수목원으로 이어지는 4㎞로 2시간이 소요된다.

숲속의 집 바로 옆에 있는 석모도 수목원(50만 864㎡)은 덱 길을 걸으면서 습지 식생들을 관찰할 수 있는 고산습지원, 붓꽃들을 심어 놓은 아이리스원, 70여 종의 나리꽃을 만날 수 있는 꽃나리원, 자생 참나무를 자연 그대로 감상할 수 있는 참나무원 등 12개의 테마별 공간으로 구성돼 있다. 보유 식물은 목본 381종, 초본 763종 등 총 1천144종, 13만 본에 달한다. 숲 해설과 목공예 체험학습 프로그램도 운영되고 있다.

300ｍ의 조류 테마로드는 색다른 재미를 선사한다. 사람을 잘 따르는 텃새인 곤줄박이, 소리가 아름다운 노랑딱새, 시끄러운 수다쟁이 텃새인 직박구리, 검은색 긴 넥타이를 한 박새 등이 많아 새소리를 들으며 산책을 즐길 수 있다.

곤충(사슴벌레, 잠자리, 나비, 매미), 식물(할미꽃, 양지꽃, 참취, 강아지풀), 동물(다람쥐, 너구리, 족제비, 고슴도치), 조류(딱새, 노랑턱멧새), 어류(숭어, 말뚝망둥이) 등 다양한 표본을 관찰할 수 있는 생태표본실은 자연 생태계를 이해하는 데 도움을 준다.