2013두22475 법인세부과처분취소 (다) 상고기각
◇1. 개정 조세특례제한법 제130조 제1항이 시행된 후에 비로소 임시투자세액 공제사업으로 지정된 사업의 사업장에 대하여 이 사건 부칙조항을 적용하여 구 조세특례제한법 제130조 제1항에 의하여 임시투자세액 공제의 배제 여부를 판정할 수 있는지 여부(소극), 2 관할세무서장이 납세자의 경정청구를 받아들여 과세표준이나 세액 등을 결정 또는 경정하였다고 하더라도 거기에 오류나 누락이 있는 경우에는 이를 바로잡는 처분을 할 수 있는지 여부(적극)◇
1. 관련 규정의 문언 내용과 체계 및 개정 연혁, 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다)은 임시투자세액의 공제요건과 그 배제요건을 구분하여, 제130조 제1항에서 제26조 제1항의 임시투자세액 공제요건을 갖춘 사업에 대한 투자 중에서 수도권 안의 투자에 대하여 임시투자세액의 공제를 배제하고 있는 점, 이러한 배제요건에 관한 개정 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되어 2002. 1. 1.부터 시행된 것, 이하 ‘개정 조특법’이라 한다) 제130조 제1항의 적용관계를 규정한 개정 조특법 부칙 제22조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)는 그 배제범위가 종전보다 확대됨에 따라 기존의 임시투자세액 공제사업에 대하여 구 조특법의 배제요건을 그대로 적용하기 위하여 마련된 규정으로 보일 뿐, 개정 조특법 시행 후에 새로이 임시투자세액 공제사업으로 추가된 사업에 대하여도 구 조특법의 배제요건을 적용하기 위한 것으로는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙조항에서 그 적용대상 사업장을 명시적으로 한정하고 있지는 않지만, 위 부칙조항의 적용대상인 ‘사업장’이란 ‘개정 조특법 제130조 제1항의 사업장 중에서 구 조특법 시행 당시 이미 임시투자세액 공제사업으로 지정되어 공제요건을 갖춘 사업장’만을 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 개정 조특법 제130조 제1항이 시행된 후에 비로소 임시투자세액 공제사업으로 지정된 사업의 사업장에 대하여는 이 사건 부칙조항이 적용되지 아니하므로, 임시투자세액 공제사업으로 지정된 이후로서 공제대상 투자 당시에 시행 중인 규정에 의하여 그 배제 여부를 판정하여야 한다.
2. 국세기본법 제44조, 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항은 관할세무서장 등이 내국법인의 신고 내용에 오류나 누락이 있어 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 경우에도 그 경정에 오류나 누락이 있으면 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는 점, 한편 국세기본법상의 경정청구제도는 원래 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 관할세무서장에게 과세표준신고서에 기재된 과세표준이나 세액 등의 결정 또는 경정을 청구하는 것으로서, 과세처분에 대한 행정심판절차인 심사.심판청구 등과는 청구의 대상, 결정기관, 결정절차 등에서 차이가 있고, 그에 대한 관할세무서장의 결정이나 경정의 효력에 관하여 국세기본법에 특별한 규정이 없는 점, 납세자의 경정청구를 거부한 관할세무서장의 처분에 대하여는 이의신청 또는 심사.심판청구 등의 불복절차가 별도로 마련되어 있는 점 등에 비추어 보면, 관할세무서장이 납세자의 경정청구를 받아들여 과세표준이나 세액 등을 결정 또는 경정하였다고 하더라도 거기에 오류나 누락이 있는 경우에는 이를 바로잡는 처분을 할 수 있다고 봄이 타당하다.
☞ 개정 조특법 제130조 제1항이 시행된 후인 2004. 1. 1.부터 임시투자세액 공제사업에 포함된 의료사업을 영위하는 원고가 설치한 노원을지병원에 대하여는 이 사건 부칙조항을 적용하여 구 조특법 제130조 제1항에 의하여 임시투자세액 공제의 배제 여부를 판정할 수 없고, 임시투자세액 공제사업으로 지정된 이후로서 실제로 투자가 이루어진 2005 내지 2008 사업연도에 시행 중인 규정에 의하여 그 배제 여부를 판정하여야 하는데, 노원을지병원은 ‘1990. 1. 1. 이후 수도권 과밀억제권역 안에서 새로이 설치한 사업장’에 해당하므로, 위 병원에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 대하여는 임시투자세액을 공제받을 수 없다는 이유로 이를 다투는 원고의 주장을 배척하고, 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 2005 내지 2007 사업연도 법인세를 경정하였더라도 그 경정에 임시투자세액을 잘못 공제한 오류가 있는 경우 이를 바로잡는 처분을 할 수 있다는 이유로 이를 다투는 원고의 주장을 배척한 원심판결을 수긍한 사례

[출처 : 대법원]

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